As mesmas condições de clima, geologia, relevo e vegetação, que fizeram da bacia hidrográfica da Baía da Guanabara um ecossistema extremamente rico e diversificado, têm gerado inúmeros problemas ambientais decorrentes de uma ocupação que não tem respeitado o delicado equilíbrio ai existente.

O clima quente e úmido, agindo sobre rochas feldspáticas, deu origem a espesso manto de decomposição. Na região frontal da Serra do Mar, herança de um arcabouço tectônico, o relevo íngreme não permitiu que este material decomposto se acumulasse em espessuras relevantes. No entanto, em função do mesmo clima úmido, permitiu o estabelecimento de uma vegetação exuberante, que por sua vez tem atuado como retentora do solo, num instável desequilíbrio.

A grande quantidade de material fornecido pela erosão permitiu o surgimento da baixada e dos ambientes de transição entre o continente e o mar, onde se fixou e se desenvolveu uma formidável formação de manguezais, fertilizando a Baía com a fauna para quem serve de berçário ou habitat.

Este esplêndido cenário, que mesmo antes de 1500 DC, já era preferencialmente ocupado pela população nativa, por sua beleza e riqueza, foi também opção preferencial para a fixação dos europeus que aqui chegaram. Nesta história o fator ocupação humana tomou tal amplitude que passou a condicionar toda a dinâmica natural aí prevalecente. Em poucos séculos, houve uma transformação formidável de sua cobertura vegetal, o desaparecimento de um sem número de nascentes d'água, um grande aumento da taxa de erosão das partes elevadas e assoreamento das partes baixas, aumento da carga orgânica da Baía proveniente dos esgotos, e uma carga química abundante e variada, antes desconhecida por este ecossistema.

Esta situação, se não for atenuada em alguns casos e revertida em outros, aponta de uma forma inexorável, para o surgimento problemas de grande magnitude, alguns dos quais já vivenciamos, como os deslizamentos de terra e blocos, arrasando o que encontra pela frente. A se confirmar o gradual aquecimento global, é de se esperar um aumento significativo dos aguaceiros, que ao encontrarem um solo desprotegido, terão potencializado seu caráter destrutivo.

A recuperação da Baía de Guanabara, é portanto uma questão de sobrevivência de sua população e não pode se resumir tão somente à recuperação do seu espelho d’água, na medida que boa parte de seus problemas decorrem de processos naturais e antrópicos que ocorrem em toda a bacia hidrográfica que para ela aflui.